Il magizoologo Newt Scamander (Eddie Redmayne) arriva a New York dall’Inghilterra insieme ad una valigia piena di animali fantastici che ha raccolto e salvato nei suoi viaggi intorno al mondo. Immerso nella folla, Newt,  scambia il suo magico bagaglio con quello di Jacob Kowalski, un aspirante pasticcere di New York No-Mag (questo il nome americano che viene dato ai Babbani), il quale accidentalmente libera le creature per le vie della città. Questo metterà in seri guai Scamander, che verrà infatti accusato di aver violato lo statuto di segretezza. Questo però non è l’unico problema per Newt, infatti l’oscuro e malvagio Geller Grindewalt, è introvabile. Inoltre qualcosa di misterioso semina il caos in città, distruggendo palazzi e uccidendo persone. La tensione tra il mondo magico e quello dei no-mag è altissima e le due diverse realtà sono molto vicine ad entrare in una sanguinosa guerra.

Animali fantastici e dove trovarli è l’inizio di una nuova saga ambientata nel mondo di Harry Potter, è l’espansione di un libricino scritto nel 2001 per beneficienza da J.K. Rowling che aveva lo scopo di essere una guida alle creature magiche. Le pagine di questo libro, però, non contenevano una vera storia, quindi tutto quello che si vede nel film è materiale originale scritto dalla Rowling stessa per l’occasione. L’autrice inoltre è anche co-producer del film, cosa non accaduta per i precedenti Harry Potter.